Valtuusto vastaa kunnan toiminnasta ja taloudesta, käyttää kunnan päätösvaltaa ja siirtää toimivaltaansa hallintosäännön määräyksillä. Kunnanhallitus vastaa valtuuston päätösten valmistelusta, täytäntöönpanosta ja laillisuuden valvonnasta. Kunnanhallitus johtaa kunnan toimintaa, hallintoa ja taloutta. Lautakunnat ovat hallituksen alaisia toimielimiä. Kittilän kunnan hallinnon ja toiminnan järjestämisessä sekä päätöksenteko- ja kokousmenettelyssä noudatetaan Kittilän hallintosäännön määräyksiä, ellei laissa ole toisin säädetty. Lue lisää Kittilän hallintosäännöstä.
Kittilän kunnan hallinto sijaitsee kunnantalolla Kittilän kirkonkylällä, osoitteessa Valtatie 15. Hallinnollisista palveluista kunnantalolla palvelevat hallintopalveluiden, sivistystoimen, sosiaali- ja terveystoimen, teknisen toimen sekä elinkeinotoimen virastot. Kunnanvaltuuston valtuustotosali ja kunnanhallituksen kokoustilat ovat Kittilän kunnan talon toisessa kerroksessa.
Kunnanjohtaja johtaa kunnanhallituksen alaisena kunnan hallintoa, virkaorganisaatiota, taloudenhoitoa ja muuta toimintaa. Kunnan toimialoja johtavat toimialajohtajat.